18-го червня (1605 р.), Скопін привіз Марфу, п вона визнала Самозванця своїм сином. Але потім, після обрання на царство Вас. Шуйського, коли розсилали проти Самозванця викривальні грамоти, Марфа запевняла вже, що останній надсилав за нею своїх радників, які повинні були нікого не донускати до неї і нікому не дозволяти говорити з нею (Зібр. госуд. грам., II, 30 Г). Щоправда, разом із Скопіним були послані за нею та інші бояри (ІІаерле у вид. Устрялова, I, 174); але саме справа була доручена йому, на що звертали йотом увагу москвитян навіть поляки (Карамзін, XI, 127, прямуючи. 381). Як племінник Василя Шуйського, який неодноразово виступав проти Самозванця, мало не поплатився за свій протест головою і нарешті став на чолі змови проти нього, Скопін більше за інших ризикував своїм ім'ям, виконуючи таємні поради поручителя. З іншого боку, оголошуючи про посилку іайних радників до цариці Марти, цар Василь кидав тінь підозри на свого племінника, тому що нікому до того часу не були відомі інші радники, а навпаки, всі знали, що в Москву супроводжував царицю Скопін-Шуйський. Тим часом із пануванням Василя останній нічим не поплатився за свою послугу Самозванцю і незабаром досяг навіть найвищих почестей. Ці протиріччя, непримиренні власними силами, знаходять пояснення у дусі смутної епохи. Справді, дух протиріччя становить відмінну рису урядових актів того часу. І за царювання Василя Шуйського, уряд поспішав дати бажане пояснення в дану хвилину, не дбаючи про наступний крок, на який його наштовхували події. Ця фальш проникла і в навколишнє середовище: такі всі заяви н клятви про смерть царевича та особи Самозванця (Бориса, Василя Шуйського, цариці Марфи, патр. Іова,
кн. В. Голіцина та багатьох інших). Те, що вчора видавалося за незмінну істину, сьогодні відкидалося, як зухвалий обман; а, втративши раз довіру до своїх представників, суспільство мало втратити й саму віру в їхню моральну силу: у цьому, без сумніву, лежить корінь політичної смути.
Як би там не було, але піднесення Скопіна відноситься до цього часу. У проекті нової думи, яку Дмитро Самозванець припускав влаштувати на зразок польського сенату, серед бояр першої статті було відведено місце і великому мечникові, кн. М. В. Скопіну-Шуйському,). В цей час йому було лише 18 років. Таким чином, коли вступив на престол його дядько, становище Скопіна було вже цілком забезпечене.
У весь попередній час Шуйські міцно трималися один одного; вони разом поділяли печальну долю за сміливий вчинок брата проти Самозванця 2); із сходженням на престол Василя Шуйського