22 жовтня 1747 р. наприкінці 9-ї години по полудпі помер київський митрополит Рафаїл Заборовський. Небіжчик залишив по собі заповіт, дуже простий і короткий і дуже добре свідчив про його чесність і нещасливе. Ось воно:
„Слава святій і єдиносущній і життєдайній і нероздільній Трійці завжди, нині не завжди і на віки віків амінь.
Заповіт та визначення келійним моїм від доброзичливих подятелів праведно зібраним червоним таке вважаю. Після поховання багатогрішного тіла мого духовним персонам на молитовні роздачі Сто червоних. Більше ж у мене ніяких грошей не має. А мої гроші і речі власні мною самим роздані за живота мого. Смиренний Рафаїл митрополит київський. 1747 септемвріа 12 дня *.
[фрагмент нечитабельний у скані першодруку]
Київська консисторія поспішила донести св. Синоду про смерть митрополита просила розпоряджень. «Тіло ж його преосвященства християнським порядком землі зрадити, також справи єпаршеські і власне до влади архієрейської належні і протчі відправляти, кому поведено буде, просимо Вашої Святості всі найнижчої резолюції. олександрійського Матвія для випрошення милостині, який ще від києвогубернської канцелярії в С.-Петербург не пропущений, якому блаженні пам'яті преосвященніший наш архіпастир за хворобу свою дозволив священнодіяти і ставлеників рукопологати». 1747 жовт. 23.
Святійший Синод не забарився з відповіддю. Поховати тіло митрополита Рафаїла доручено було собору київського духовенства з митрополитом Фіваїдським на чолі собору: запропоновано було взяти участь у похоронній церемонії і сусіднім архієреям Амвросію чернігівському та Никодиму переяславському, але ті ухилилися від цього запрошення. — 30 листопада спочилий м. Рафаїл був похований у кафедральній києво-софійській церкві. Тіло його — каже каталог архієреїв київських, надісланий у св. Синод від 3 квітня 1780 р., — і досі перебуває нетлінним. Нетлінним перебувало воно і на початку цього століття. Митр. Серапіон у своєму щоденнику під 24 серп. 1805 р. писав: „Сходили (з І. В. Лопухіним) у склеп, де стоять труни митр. київських і дивилися останки м. Рафаїла. Склад увесь не зруйнувався, а вбрання не тільки все ціле, але й нове майже. Mirares! [Дивуєшся!] бо 58 літ, як помер". Згодом вхід у похоронний склеп під Софійським собором був закладений за розпорядженням митр. Євгенія.
Треба було подбати про вибір наступника київському митрополитові. Імператриця Єлисавета була повільна у провадженні справ взагалі, і зокрема у заміщенні архієрейських кафедр. Доповіді про кандидатів на пусті архієрейські кафедри цілими роками лежали в неї без руху. Але цього разу вона змінила свою звичайну повільність, можливо тому, що Київ, нещодавно відвіданий нею, був близький її серцю і пам'яті. 6 листопада Імпе-