Спочатку запорозькі козаки здійснювали набіги спільно з іншими козацькими ордами або виконували накази польських королів, але згодом, коли вони виділилися в окрему громаду, вони діяли на свій рахунок. Їхня організація нагадувала ту, яку вони раніше отримали від короля Баторія, за винятком кількох незначних змін чи модифікацій.
Запорозьке козацтво утворювало різновид військового ордену чи товариства; точніше, за загальними рисами їх поєднання їх можна порівняти зі своїми сучасниками, знаменитими флібустьєрами XVII ст. Ними керував верховний начальник (отаман кошовий), якого вони обирали і скидали за власним бажанням. Він мав під собою генерального секретаря, писаря; генеральний ревізор, штаб*- майор, асавула; генерал-лейтенант артилерії та інженерів і деякі інші підлеглі помічники. Крім старшини, про яку йдеться, призначали їх самі, оскільки країна запорозьких козаків була поділена на численні округи або курені, кожен курень мав свого окремого старшину, наділеного так само титулом отамана, чий ранг якнайближче відповідав рангу полковника; і який, крім того, здійснював своєрідну цивільну магістратуру в управлінні землями, що належали його індивідуальному курене. Щороку 1 січня збиралися запорозькі козаки з великою пишністю та метушнею, щоб розділити свої землі на стільки уділів, скільки було куренів. Кожна особа округу протягом року мала право полювати і рибалити виключно на своїй курені; або, іншими словами, ні Запорозькому козаку, який належав до будь-якого іншого куреня, дозволялося порушувати його місцеві привілеї або переступати на територію куреня свого сусіда.
Після цього поділу вони обговорювали долю лідерів попереднього року, яких вони або затверджували на посаді, або скидали за власним бажанням. Останні чекали свого вироку стоячи. Якщо запорозьке козацтво виявлялося задоволеним поведінкою своєї старшини, то остання кланялася зборам і відступала; якщо, навпаки, отамани викликали незадоволення середини, вони клали знаки своєї гідності й поверталися простими козаками до своїх куренів.