Однак Карл XII, здається, дуже легковажно поставився до обіцянок Мазепи і не дуже покладався на козаків. Подякувавши Мазепі за пропозиції, він порадив йому відкласти своє втечу. Це невдале зволікання поставило козацького ватажка в дуже небезпечне становище. Про його проекти поширювалися вже тривожні чутки, про які був повідомлений навіть цар; але Мазепа так добре розіграв свої карти, що цар, вважаючи за зрадників усіх, хто підозрював у вірності Мазепи, послав до нього під сильним конвоєм двох його головних обвинувачів, Іскру та Кочубея. Мазепа був змушений пожертвувати ними заради своєї безпеки, і вони були вбиті трьома ударами гострих молотів по головах у його присутності (це покарання, призначене для зрадників серед козаків). Цар також, бажаючи висловити йому більш рішучий знак своєї імператорської прихильності, запросив його піти до Кіофа, щоб закласти з ним перший камінь фортеці цього міста. Мазепа, який покинув постіль, скликав усіх підлеглих старшин і послав до царя свого племінника Войнароського, просячи його більш вільно керувати козаками. Однак перед тим, як та депутація дійшла до Москви, один із його листів був перехоплений: цар наказав Войнароського негайно закути в кайдани і дав беззастережний наказ усім своїм генералам силою не допустити з’єднання козаків із шведським королем. Він визволив із Сибіру всіх, кого туди заслало вплив Мазепи. Він також пустив в обіг чутку, що всі поразки козаків від шведів пояснюються зрадою їх власного гетьмана, який хотів підкорити грецьку церкву примхам папи та лютеранського двору. Насправді не шкодували нічого, щоб очорнити його характер і знизити його оцінку.
Мазепа побачив, що настав час діяти. Тому він рушив до Дніпра, зібрав провізію, поставив у гарний стан оборону міста Гочі, Чернігоф і особливо Батурин і з 15 000 козаків приєднався до шведського короля в околицях Десни. Невдовзі він уклав вигідний договір із запорозькими козаками, відновив вигідне для його справи листування з турками і не знехтував нічим, що могло б покращити становище шведської армії та сприяти успіху його планів.