Мазепа, за яким таємно спостерігали, був спійманий обуреним чоловіком, який, обурений масштабами сімейного нещастя та схвильований жагою помсти, наказав своїм людям немилосердно бичувати його, доки він не втратить свідомість, вилити на його тіло якусь соляну рідину та покрити дьогтем. Тоді молодого пажа прив’язали перерізаними нитками до спини дикого й незламного українського коня, заздалегідь шуканого й підготовленого для цього, і таким чином залишили його напризволяще.
Раптово звільнившись після мук, кінь, не в змозі позбутися тягаря спини, помчав на шаленій швидкості в пустелі рідних степів. Переслідуваний вовками, а також деякими козаками, які вважали його привидом нечистої сили, кінь перепливав потоки, яри, ріки, переправлявся через Дніпро і в базарний день з неймовірною швидкістю мчав галопом у маленьке містечко на Східній Україні; і там, збуджений голодом, страхом і втомою, впав мертвий. Мазепа, повернутий до життя і гостинно опікований козаками, прийняв їхні звичаї та релігію і став улюбленим ад'ютантом Дорошенка; після виходу останнього у відставку він став ад'ютантом Самойловича, здібного козацького ватажка, який ставився до нього дуже приязно; невдячна віддача, за яку, однак, згодом виявив Мазепа; які, скориставшись нещасливим походом Самойловича на Крим, стали його головним обвинувачем, скинули його з престолу і одностайно обрали замість нього своїм керівником.
Не задовольняючись своїм новим становищем, яким він зобов'язаний своїм хитрістю і невдячністю, і боячись впливу і помсти двох синів Самойловича, свого благодійника, він несправедливо наказав одного з них убити, а другого через свої інтриги відправив до Сибіру. Ці дії, які не сподобалися навіть його власним партизанам, завдали йому великої шкоди та зірвали деякі з його могутніх проектів.
Мазепа, добре розуміючи, що тільки військові успіхи можуть забезпечити його авторитет серед козаків, у 1689 році напав на татар Очакафа і розбив їх у кількох боях. Наступного року він разом зі своїми козаками супроводжував похід Галичан на Крим, який закінчився розгромом татар. Мазепа був нагороджений багатими подарунками та орденами. Незабаром після цього, певними засобами, згаданими кількома істориками, але ніколи добре поясненими, він привернув увагу Петра Великого, натякнувши йому на темну інтригу, таємно запущену, завдяки якій його сестра Софія та її улюблений Галичин були принижені навіки.